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《轩辕剑Ⅳ》的时代背景设定于距今两千两百年前，刚消灭战国六雄、完成“大一统”霸业的中国秦朝。故事背景，也延续了系列第三作《轩辕剑Ⅱ外传――枫之舞》的若干相关设定。主角是一位墨家年轻的女弟子，她目睹墨家在秦人不断围剿下，逐渐步入没落、败亡的惨状，不禁焦心如焚。她为了打破墨家奄奄一息的灭亡命运，决心勇敢无视墨家的禁令，去私下探索过去墨家严令禁止去研究的两百年前失传古科技──“机关术”。