好笑的基督教

[CatLostHerFish]

cvictor 辛苦了！翻墙的还是凌晨四点爬起来学习进化论？

DNA、RNA之类的名词看了头晕，一个大沼泽地，本来不想涉及。既然提到了，贡献俺的几个疑问，求科普：

1、根据生命树，所有生物都来自共同祖先，确切的讲，是一个原生物，不是二个，不是一群，楼上的文章也说“生命的共同祖先Cenancestor是一个原生物”，因为如果不是一个，就无法解释生物DNA的相似性。对吧？而且这个原生物已经带有DNA，或者其他遗传物质了
4、DNA的复杂程度不须多讲，在很久很久以前的一个风雨交加的晚上，在幽暗的海洋一角，诞生了某一个带有及其复杂遗传物质的细胞，顽强地分化出地球上如此丰富的生物界。而且只有一个，或者只有一个能够存留下来的小生命？同时在接下来更加悠久的历史中，再也没有这样的奇迹产生？为什么？

路过，正好对微生物感兴趣，正好也有同样疑问，近来胡诌，不要见笑。
[media]http://en.wikipedia.org/wiki/File:Horizontal-gene-transfer.jpg[/media]

找到下面这个概念，基本跟我想象的一样。在特殊环境下，产生一个，一种听起来都是不合逻辑的。产生一群随机的组合，其中大多被淘汰，极少形成生命体，自我复制，互传传递DNA，听起来更合理。
common ancestral community of primitive cells

 

[qwerty0]

路过，正好对微生物感兴趣，正好也有同样疑问，近来胡诌，不要见笑。
http://en.wikipedia.org/wiki/Horizontal_gene_transfer

找到下面这个概念，基本跟我想象的一样。在特殊环境下，产生一个，一种听起来都是不合逻辑的。产生一群随机的组合，其中大多被淘汰，极少形成生命体，自我复制，互传传递DNA，听起来更合理。
common ancestral community of primitive cells

多谢讨论。对微生物俺是一窍不通，边建楼边放狗的。找了点中文资料，还是不明白。对于HGT在“早期进化”中的作用，能不能稍稍详细一点解释？

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4954110901009hnj.html
http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2005_fall/docs/uprooting.pdf

 

[cvictor]

核糖核酸-RNA，为英文Ribonucleic acid的缩写。由至少几十个核糖核苷酸通过磷酸二酯键连接而成的一类核酸。因含核糖而得名，简称RNA。RNA普遍存在于动物 、植物、微生物及某些病毒和噬菌体内。 RNA 和蛋白质的生物合成有密切的关系。在RNA病毒和噬菌体内，RNA是遗传信息的载体。RNA 一般是单 链线形分子；也有双链的如呼肠孤病毒RNA；环状单 链的如类病毒 RNA；1983年 还发现了有支链的RNA分子 。1965年R.W.霍利等测定了第一个核酸——酵母丙氨酸转移核糖核酸的一级结构。除一级结构外 ，RNA 分子中还有以氢链联接碱基（A对U；G对C）形成的二级结构 。RNA的三级结构，其中研究得最清楚的是tRNA，1974年用X射 线衍射研究酵母苯丙氨酸tRNA的晶体，已确定它的立体结构呈倒L形 。RNA参与蛋白质生物合成过程的有3类 ：转移核糖核酸（tRNA）、信使 核糖 核酸（mRNA） 和 核糖 体核 糖核 酸（rRNA）。tRNA是一类小分子RNA，绝大多数tRNA含有75～95个核苷酸。主要功能是携带并运输氨基酸。mRNA是合成蛋白质的模板。rRNA是组成核糖体的成分。核糖体是细胞质内由蛋白质和核糖核酸组成的一种亚细胞颗粒。是蛋白质合成的场所。
1981～1984年间还发现一些RNA具有酶活力 。此外 ，由于RNA在细胞内存在的部位不同 ，有核内不均一核糖核酸（ hnRNA），核内小分子核糖核酸（ snRNA ）、线粒体 RNA 、叶绿体 RNA 等。除RNA病毒外，生物体内RNA的合成是以细胞内双链DNA中的一条链作为模板，以腺苷三磷酸（ATP）、鸟苷三磷酸（GTP）、胞苷三磷酸（CTP）和 尿苷三磷酸（ UTP）为原料，通过RNA聚合酶的催化而进行的。由于所合成的RNA中核苷酸排列顺序忠实地对应于DNA模板 ， 这一过程也称转录。按照DNA模板合成的直接产物RNA（ 即前体RNA）并不都有生物活性 ， 有些必须进一步加工方能成 为具有活性的成熟RNA 。
中国科学家王德宝等从制备核苷酸原料和各种工具酶开始 ， 人工合成了76 核苷酸的整分子酵母丙氨酸tRNA 。

 

[cvictor]

脱氧核糖核酸-DNA，为英文Deoxyribonucleic acid的缩写，又称去氧核糖核酸，是染色体的主要化学成分，同时也是组成基因的材料。有时被称为“遗传微粒”，因为在繁殖过程中，父代把它们自己DNA的一部分复制传递到子代中，从而完成性状的传播。
事实上，原核细胞（无细胞核）的DNA存在于细胞质中，而真核生物的DNA存在于细胞核中，DNA片断并不像人们通常想像的那样，是单链的分子。严格的说，DNA是由两条单链像葡萄藤那样相互盘绕成双螺旋形，根据螺旋的不同分为A型DNA，B型DNA和Z型DNA，詹姆斯·沃森与佛朗西斯·克里克所发现的双螺旋，是称为B型的水结合型DNA，在细胞中最为常见。
这种核酸高聚物是由核苷酸链接成的序列，每一个核苷酸都由一分子脱氧核糖，一分子磷酸以及一分子碱基组成。DNA有四种不同的核苷酸结构，它们是腺嘌呤（adenine，缩写为A），胸腺嘧啶（thymine，缩写为T），胞嘧啶（cytosine，缩写为C）和鸟嘌呤（guanine，缩写为G）。在双螺旋的DNA中，分子链是由互补的核苷酸配对组成的，两条链依靠氢键结合在一起。由于氢键键数的限制，DNA的碱基排列配对方式只能是A对T或C对G。因此，一条链的碱基序列就可以决定了另一条的碱基序列，因为每一条链的碱基对和另一条链的碱基对都必须是互补的。在DNA复制时也是采用这种互补配对的原则进行的：当DNA双螺旋被展开时，每一条链都用作一个模板，通过互补的原则补齐另外的一条链。

 

[cvictor]

　　生物的基本结构单位。单细胞生物的整个个体是一个细胞。在多细胞生物，一切个体都要经历一个单细胞阶段，但在发育过程中这个单细胞分化成几十以至几百种结构和功能各异的细胞，如擅长收缩运动的肌细胞和专司传递信息的神经细胞。这些不同细胞分工合作，共同完成个体的代谢、生殖等整体功能。就每种细胞的特化功能而言，细胞也常被称为生物的基本功能单位。一切单细胞生物的细胞和多细胞生物体中绝大多数细胞都能分裂繁殖，因此细胞又常被视为遗传复制单位。
　　在医学上，细胞往往是疾病的发生部位和药物的作用部位。例如病毒就是侵入寄主细胞后利用细胞内的代谢装置来复制繁殖自己，子代病毒再侵入其他细胞。癌瘤也常常是由于单个细胞转化为恶化，大量繁殖，转移至全身，最后导致死亡。现代研究表明，大多数药物作用于细胞的特定结构（如胞膜受体或胞内酶）而发挥效果。因此细胞层次的研究日益受到重视。
　　原核细胞和真核细胞 　根据组成细胞的结构和化学组成，可将生物分成两大类：原核生物，包括细菌和蓝菌；真核生物，包括原生生物、真菌、植物和动物。前者主要为单细胞生物；细胞小（直径 1～10μm），缺少细胞器，环状的 DNA外无核膜；营厌氧或需氧代谢；靠二分分裂繁殖。后者主要为多细胞生物；细胞大 (10～100μm)，有复杂的膜系统并形成多种细胞器；DNA长,含许多不编码区，与蛋白质组成染色体；染色体外有核膜包绕， DNA合成和蛋白质合成分别在核和细胞质内进行，营需氧代谢;细胞靠有丝分裂繁殖;许多种类行有性生殖，合子经发育分化为多种细胞，共同组成成熟个体。

 

[qwerty0]

多谢楼上cvictor的帖子，尽管俺认为那完全没有回答俺的任何疑问

Craig Venter （无神论者）,  world leader in genomics。与美国政府的人类基因计划竞争，produced the first complete transcription of a human genome in 2000，and created the first cell with a synthetic genome, 2010年成功制造世界上第一个人造生命. 他的人造生命是一个里程碑式的成就, 加上他企业家的身份，为他自己在生物科学界获得了一个某种特殊地位。看看一段2011年2月的视频Richard Dawkins, J. Craig Venter, Nobel laureates Sidney Altman and ... discuss the origins of life ... ...

参加这个会的人：

Richard Dawkins: 来自牛津的当代最著名的进化论科学家
Sidney Altman: 1989年化学诺奖得主，研究RNA的分子生物学家
Leland Hartwell：前面提过，2001年生物诺奖得主，研究细胞、癌症
还有前面提到的Venter和一个NASA科学家、两个Arizona大学的教授

 

[qwerty0]

对这段视频的部分transcript和分析，摘要如下：Venter vs. Dawkins on the Tree of Life -- and Another Dawkins Whopper

The question for discussion at the forum was "What is life?" Most of the panelists agreed that all organisms on Earth represent a single kind of life -- a sample of one -- because all organisms have descended from a last universal common ancestor (LUCA)...

Venter disagreed -- in a remarkable way (start at the 9:00 minute mark). "I'm not so sanguine as some of my colleagues here," he said, "that there's only one life form on this planet. We have a lot of different types of metabolism, different organisms. I wouldn't call you [Venter said, turning to physicist Paul Davies, on his right] the same life form as the one we have that lives in pH 12 base, that would dissolve your skin if we dropped you in it."

"Well, I've got the same genetic code," said Davies. "We'll have a common ancestor."

"You don't have the same genetic code," replied Venter. "In fact, the Mycoplasmas [a group of bacteria Venter and his team have used to engineer synthetic chromosomes] use a different genetic code that would not work in your cells. So there are a lot of variations on the theme..."

(Human and Mycoplasma cells do not read their DNA in the same way)

"The tree of life is an artifact of some early scientific studies that aren't really holding up...So there is not a tree of life." replied Venter.

Dawkins is Flabbergasted

Fast forward to 11:23, when moderator Roger Bingham turns the microphone over to Dawkins:

"I'm intrigued," replies Dawkins, "at Craig saying that the tree of life is a fiction. I mean...the DNA code of all creatures that have ever been looked at is all but identical."

WHOPPER. Venter just told the forum that Mycoplasma read their DNA using a different coding convention than other organisms (for "stop" and tryptophan). But Dawkins is undaunted:

"Surely that means," he asks Venter, "that they're all related? Doesn't it?"

As nearly as we can tell from the video, Venter only smiles.

这段话前面已经贴过，俺自己记下来的，好像在40分钟左右
Leland Hartwell: I found that the more we learn about the cells, the more complex they seem. They are just incredibly complex things. To go from what we can see today to try to reason where we came from, I think it's really impossible

 

[qwerty0]

“生命进化树”就像大家谱

ＬＵＣＡ指的是“所有物种在分化之前的最后一个共同祖先”。由ＬＵＣＡ衍生出的一个躯干，经过一次次分裂，生长成一棵枝叶繁茂的大树，每个分支都相当于一个物种。“生命进化树”就像一个大家谱，展示了各个物种之间的关联。

在过去的150年中，生物学家们一直致力于完善“生命进化树”，使其更加细节化。法国巴黎第六大学生物学家艾瑞克·巴普提斯塔说：“长久以来，我们的梦想就是画出完整的‘生命进化树’。”

近年来，“生命进化树”日趋完善，但该命题本身却受到质疑。生物学家们目前正在讨论，有人认为“生命进化树”概念是错误的，是应该摒弃的。巴普提斯塔说：“我们没有证据能证明‘生命进化树’正确。”这种质疑就像一颗炸弹，轰动了生物界，因为它动摇了我们有关生物进化的根本理念。

。。。

　　“树状”还是“网状”？

。。。

1999年，美国《科学》杂志发表言论说：“‘生命进化树’并不是真实存在于自然界中的，而是人类用来规划自然界的一个理论。”但是，有研究者运用更多的研究捍卫达尔文的观点，认为所谓网状的进化论是理想化、不切实际的想法。

到目前为止，这场辩论仍然持续两极化状态，博克和他的团队继续研究“生命进化树”理论，他说：“我们相信‘生命进化树’理论，虽然有水平基因转移的存在，但最终的形状还是树状的。”达冈及其团队也在为推翻“生命进化树”而不懈努力。2008年，达冈和他的团队研究了181个基因组，发现80％的基因组存在水平基因转移。

。。。

对“生命进化树”的质疑在学界引起很大波澜。加州大学进化生物学家迈克尔·罗斯说：“‘生命进化树’正被掘坟埋葬。虽然有些人不承认，但我们对生物的整体基础观点需要改变。”

多谢这个帖子，可能俺跟cvictor兄看到的是不同的东西。俺看到的是，又有科学家（查找不到这些人的个人资料，从文中看出至少质疑者巴普提斯塔是进化论者），从科学的角度在挑战进化论里面貌似比较核心的东西。树状和网状哪个更靠谱，还是都不靠谱，俺不知道。俺从中读到的信息是：

1、从这种争论反映出来的是当代的科学水平对DNA、基因的认识并不很深

2、不明白这个逻辑是科学家们原来的，或者是文章作者杜撰或者误解的：“家鼠、野鼠和非洲爪蛙在内的8种动物的基因组合中发现了一种奇特的ＤＮＡ。这是鸡、大象和人类所没有的ＤＮＡ，这说明它是一些动物通过异种交配形成的基因组”。对此的质疑是：

2.1貌似科学家们对HGT的研究在细菌，还有别的什么，好像没有在高等动物上的试验，科学已经正式HGT可能发生在高等动物身上？如何能从非洲爪蛙存在别的动物没有的基因，即认定是异种交配的？

2.2 异种交配是解释这个现象的“唯一”可能？

3、这个质疑与前面Graig Venter的质疑性质类似，完全推翻，至少是大修改。窃以为这种推翻（或者叫修正）跟科学史上别的案例性质不太一样。之前凭什么证据认定这是正确的，正确到必须当成一个“不可置疑”的东西在学校教授？

4、貌似巴普提斯塔的态度在进化论科学家中是有代表性的。他讲“我们没有证据能证明‘生命进化树’正确“，但是－－“生命进化树”理论可能是错误的，但这不代表进化论本身是错误的，只不过，它并不像我们想得那么简单。－－不管进化论什么理论是错的，都是进化论“内部”的问题，一点没有变成对进化论是否成立的质疑。理由是什么？

 

[CHRIS88]

zt的

微生物在整个生命世界中的地位


　　人类在发现和研究微生物之前，把一切生物分成截然不同的两大界－动物界和植物界。随着人们对微生物认识的逐步深化，从两界系统经历过三界系统、四界系统、五界系统甚至六界系统，直到70年代后期，美国人Woese等发现了地球上的第三生命形式－古菌，才导致了生命三域学说的诞生。该学说认为生命是由古菌域（Archaea）、细菌域（Bacteria）和真核生物域（Eucarya）所构成。在图示“生物的系统进化树”中，左侧的黄色分枝是细菌域；中间的褐色和紫色分枝是古菌域；右侧的绿色分枝是真核生物域。

　　古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、广域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、动物和植物。除动物和植物以外，其它绝大多数生物都属微生物范畴。由此可见，微生物在生物界级分类中占有特殊重要的地位。

　　生命进化一直是人们关注的热点。Brown等依据平行同源基因构建的“Cenancestor”生命进化树，认为生命的共同祖先Cenancestor是一个原生物。原生物在进化过程中产生两个分支，一个是原核生物（细菌和古菌），一个是原真核生物，在之后的进化过程中细菌和古菌首先向不同的方向进化，然后原真核生物经吞食一个古菌，并由古菌的DNA取代寄主的RNA基因组而产生真核生物。

　　从进化的角度，微生物是一切生物的老前辈。如果把地球的年龄比喻为一年的话，则微生物约在3月20日诞生，而人类约在12月31日下午7时许出现在地球上。

所谓“古细菌“，实际上都是现在还活生生每天都在繁殖死亡的原核生物。和大型动植物不一样，我们甚至没有任何化石证据来证明这些在不太远的古代存在过。

这些古细菌之所以被从真细菌中单列出来，是因为它们虽然和真细菌一样不具有细胞核(nucleus)而只具有由一个环状染色体DNA所构成的类核(nucleoid),但它们具有和真细菌非常不一样的细胞化学组成。比如说它们的细胞膜中就含有大量的固醇(steroid) 不像真细菌一样主要由磷酯组成。同时，它们一般也生存于（其它生物所不能存活的）极端环境中。由于更复杂的真核生物的生存环境及细胞相应学结构（如细胞膜）倒与真细菌相似，所以进化论学者从其“结构简单的生物必然在前”的既有的成见出发，“推定”真细菌早于真核生物，而古细菌自然离的更远，应该被称为“古”细菌了。

所以，不是所谓“古细菌”的存在验证了进化论，而是进化论的谬论导致了“古细菌”这样一个不伦不类的误导性名称的出现。

简而言之，“古细菌”的确是和真细菌在结构和生存环境上都有明显的差别。但我们并没有科学证据说明它们的出现比真细菌更“古”。我们唯一确知的是，它们和真细菌一样生活在现代。

 

[qwerty0]

忙，没时间建楼。重新整理／补充一下＃778和＃779关于DNA／生物进化的几个求科普问题。再休息几天后跳过DNA这个大沼泽地，继续学习始祖鸟

1、根据生命进化树，所有生物都来自共同祖先，确切的讲，是一个且只有一个原生物，对吧？而且这个原生物已经带有DNA，或者其他遗传物质了

2、科学家们根据不同生物DNA的相似性来判断他们的进化关系，是否假设了DNA以及相关的遗传机制在整个生物“进化”历史中没有进化？没有存在过其他的遗传机制？

3、那么，生物不断在进化，生命核心的遗传机制却没有任何进化，DNA、RNA、蛋白质这些东西都是偶然情况下产生的，为什么在它们产生的那一瞬间（或者在他们生命的开端）就固定下来？

4、DNA的复杂程度不须多讲，在地球“童年”时代，幽暗的海洋一角，“随机”诞生了某一个带有极其复杂遗传物质的细胞，顽强地分化出地球上如此丰富的生物界。而且只有一个，或者只有一个能够存留下来的小生命？在接下来更加悠久的历史中，再也没有这样的奇迹产生？为什么？

5、“没有蛋白质的参与无法完成DNA/RNA的复制和组合，没有DNA/RNA携带的信息，蛋白质也就无从产生”。“RNA世界学说”号称可以解释这个问题，看不懂，而且被称为Molecular biologist's dream，求解释这个鸡和蛋的问题

6、貌似现在科学主要在分析DNA的编码（？），生物里面是什么东西在解读这些编码？就像DVD机比光盘复杂，DNA解读者是否比DNA更复杂？参照问题2, DNA“解读器”从来没有进化过？

7、生命是什么？即构成生命 （俺自己的定义：可以自由复制、有死亡的东西）的最小配置是什么？其实，这是＃790视频中一个科学家问Craig的问题

8、求蜗牛的进化过程科普。各种不同的蜗牛遍布各大洲，它们是一个地方的一个共同的蜗牛祖先，先后“迁居”到世界各地（貌似这个有难度）？还是在不同地方，分别由不同的动物进化而来（概率）

9、求missing link科普。现在地球上有870万个生物物种（Species），777万种动物，迄今为止已经发现了大约25万件化石，除了大淡水鱼、始祖鸟、各种猿人，还有哪些是进化科学界“公认”的化石证据？

 

[qwerty0]

又想到两个问题：

10、求基因变异方向及其遗传可能性的科普。仅看过一点点资料，记得基因变异不管是有害、中性、有利变异，都是属于“信息丢失”，并没有增加基因信息。换句话讲，正常情况下发生基因突变，是在原始基因库中的重新选择，是不是这样？假设X光辐射或者别的原因，能产生新基因（新基因是俺自己的词，指基因库中不存在的基因。这里俺无法给“基因库”下一个严格的定义），这些新基因能否被遗传？这个问题与问题6相关：“DNA解读器”是什么？是怎样工作的

11、众所周知，如果进化论不成立，至少现代生物学将会被推倒。实际情况是不是这样？“进化论”是一个被滥用的词，前面多次讲过，不再重复。就阿Q目前的理解，如果将宏进化（指在species（种）之上的进化，不包括进化出一种新的蜗牛，一种新的马）、共同起源拿掉，并不影响现代生物学中任何已经得到实验证实的理论，包括基因工程、克隆、Craig的人造生命等等，有没有实际的反例？

 

[CHRIS88]

阿Q在这个楼里发了很多好帖，是不是考虑弄个脱水版放基督教论坛啊？

 

[一心无住]

多贴有啥用啊，没看到说服力呀。

 

[qwerty0]

阿Q在这个楼里发了很多好帖，是不是考虑弄个脱水版放基督教论坛啊？

多谢，太忙了，此楼还有很多作业没做

 

[cvictor]

多谢，太忙了，此楼还有很多作业没做

你可以整一篇博士论文了，到那什么神学院的。